SNP (enonukleotidni polimorfizem): definicija, pomen, vpliv na zdravje

Polimorfizem enega nukleotida (SNP, izgovori se snip; množina snips)) je sprememba v zaporedju DNK, ki se pojavi v populaciji kot zamenjava enega samega nukleotida v genomu. Gre za najpogostejšo obliko genetske variacije pri ljudeh. SNP lahko uporabimo za opis razlik v zaporedja DNK v populaciji in so pogosto uporabljeni kot markerji v genetiki.

Kaj je primer SNP?

Na primer, zaporedje fragmentov DNK dveh oseb — od AAGCCTA do AAGCTTA — se razlikuje v enem samem nukleotidu. V tem primeru govorimo o dveh različicah istega mesta, tj. dveh alela. Večina pogostih SNP-jev ima le dva alela (dve različici). SNP-ji, ki so zelo redki (zelo nizka minor allele frequency), se pogosto štejejo bolj kot redke variante kot kot klasični SNP.

Kje se pojavljajo in zakaj

SNP-ji se lahko pojavijo kjerkoli v genomu:

• v kodirajočih delih genov (eksonih) — tam lahko povzročijo sistemske spremembe aminokislin (nesinonimni SNP) ali pa so sinonimni (ne spreminjajo aminokisline);
• v nekodirajočih regijah — vplivajo lahko na regulacijo genov, spajanje (splicing), stabilnost mRNA ali vezavo regulatornih molekul (npr. mikroRNA);
• v medgenskih območjih — kjer običajno nimajo neposrednega učinka na preživetje, zato se tam kopiči več variacij.

SNP-ji, ki imajo negativen učinek na preživetje ali reprodukcijo, so pogosto odstranjeni z naravna selekcija. Gostota in porazdelitev SNP-jev v genomu je tudi odvisna od drugih dejavnikov, kot so genetska rekombinacija in hitrost mutacij.

Vpliv na zdravje in farmakogenetika

Genetske razlike, tudi tiste v nekodirajočih delih, lahko vplivajo na:

• dovzetnost za bolezni (tveganje za razvoj bolezni);
• potek bolezni in resnost simptomov;
• odziv na zdravila in tveganje za neželene učinke (farmakogenetika);
• uporabo v diagnostičnih in napovednih testih (npr. poligeni rizični seštevki).

Mutacija ene baze v genu APOE (apolipoprotein E) je na primer povezana z večjim tveganjem za Alzheimerjevo bolezen. Drugi SNP-ji so povezani s tveganjem za srčno-žilne bolezni, diabetes, nekatere vrste raka in številne druge motnje, pogosto kot del kompleksnih interakcij več genov in okolja.

Uporabe SNP-jev

• Raziskave genetike: SNP-ji so osnovni gradniki za študije asociacij (GWAS), ki iščejo povezave med genetskimi markerji in boleznimi.
• Forenzika: Te genetske razlike se včasih izkoriščajo pri določanju prstnih odtisov DNK, ki se uporablja v forenziki.
• Medicina po merilih posameznika: poznanje posameznikovega genetskega profila lahko pomaga pri izbiri zdravljenja in odmerka zdravil.
• Populacijska genetika in izvori: SNP-ji pomagajo slediti populacijskim migracijam, etničnim razlikam in izvoru posameznikov.

Kako odkrijemo SNP-je

Najpogostejše metode za zaznavanje SNP-jev vključujejo:

• SNP-čipi (SNP arrays) — primerna in cenovno ugodna metoda za preučevanje več sto tisoč poznanih SNP-jev hkrati;
• sekveniranje naslednje generacije (NGS) — omogoča odkrivanje tako pogostih kot redkih variant po celotnem genomu ali v ciljnih regijah;
• specifične metode za posamezne variante (PCR, Sangerjevo sekvenciranje) — uporabne za potrditev ali za klinične teste.

Pogostnost in interpretacija

SNP-ji so opredeljeni tudi glede na pogostnost alela v populaciji; pogosto se za SNP šteje varianta s minor allele frequency (MAF) nad približno 1 %. Vendar je klinična interpretacija kompleksna: prisotnost določenega SNP-ja ne pomeni vedno, da bo oseba zbolela — vpliv je pogosto odvisen od številnih genetskih in okoljskih dejavnikov.

Etika in omejitve

Uporaba genetskih podatkov odpira vprašanja zasebnosti, diskriminacije in interpretacije rezultatov. Pomembno je, da so klinične odločitve podprte z dobro znanstveno podlago in svetovanjem genetika, kadar je potrebno.

Če želite izvedeti več ali preveriti specifične SNP-je, obstajajo javne zbirke podatkov in orodja (npr. dbSNP, projekti 1000 Genomes), ki zbirajo in opisujejo opažene variante ter njihove frekvence v različnih populacijah.

Vprašanja in odgovori

V: Kaj je SNP?

V: Kaj pomeni SNP?

V: Koliko alelov imajo običajni SNP?

V: Kje v DNK se najpogosteje pojavljajo SNP-ji?

V: Kateri dejavniki lahko vplivajo na gostoto SNP?

V: Katere so praktične uporabe genetskih razlik med posamezniki?

V: Kateri je primer genetske variacije, povezane z večjim tveganjem za določeno bolezen?

Išči po črki