Zgodba igre Bionicle v obdobju 2001-2008 se je odvijala v znanstvenofantastičnem svetu, v katerem živijo predvsem delno organska in delno strojna bitja v podzemnem svetu, ki obstaja v ogromnih kupolah pod zemljo. Ta svet (imenovan "vesolje Matoranov") in njegove rase je nekoč varoval Veliki duh po imenu Mata Nui, dokler ga zlobni Makuta Teridax in Bratovščina Makuta nista pognala v večni spanec. Svet Matoranov je začel razpadati. Toda masko življenja, ki je bila shranjena v Mata Nuiju, so poslali v vesolje, da bi našla nov planet. Maska je pristala na planetu Bara Magna in ustvarila majhno telo.
Leta 2009 se je začela povsem nova saga zgodbe, ki je pustila za seboj prejšnja leta in se podala novim možnostim, saj Mata Nui, potem ko ga je Makuta Teridax pregnal, strmoglavi na skrivnostnem pustem planetu, imenovanem Bara Magna. Tu postane središče zgodbe in pridobi nove zaveznike, ko skuša najti način, kako rešiti Matorane in Toa pred tiransko vladavino Makute Teridaxa.
2001 - Iskanje mask
Zgodba se začne s šestimi Toa Matami: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu in Onua prispejo na otok, znan kot otok Mata Nui. Odkrili so, da se prebivalci, vaščani Matoranov, soočajo z nenehnimi napadi okuženih Rahijev, divjih zveri, ki jih z uporabo mask okuženih Kanohijev nadzoruje močan vpliv Makute Teridaxa, kar je povzročilo vojno, ki je trajala približno 1000 let. Po iskanju in najdbi številnih mask Kanohijev vsak od Toa prejme zlato masko Kanohija z izjemno močjo in poišče samega Makuto. Po spopadu z divjimi rakovicami Manas in Toa v senci (zlobnim dvojnikom podobne iluzorne replike Toa ) se Toa spopadejo z Makuto in ga premagajo, tako da združijo svoje elementarne moči.
2002 - Roji Borokov
Po porazu je Makuta izpustil starodavnega Bohroka. Bohroki so robotski droni, ki so bili zasnovani, da "očistijo" otok Mata Nui do stanja, kakršno je bilo "pred časom". Bohroki so začeli uničevati vasi na otoku in prisilili Matorane v beg. Eden od iznajdljivih Matoranov na Zemlji, Nuparu, iz delov poškodovanega Bohroka izdela močno vozilo, imenovano Boxor, da bi se ubranil pred roji. Toa, ki se niso zavedali Borokovega namena, so zbrali Borokove krane (maskam podobna bitja, ki delujejo kot njihovi možgani), da bi se spopadli z Borokovimi kraljicami, Bahragami: Cahdok in Gahdok. Poražena Cahdok in Gahdok sta zapečatena v zaporu, ki so ga ustvarile elementarne moči Toa. Toa Mata sta nato izpostavljena snovi, imenovani Energizirani protodermis, ki ju preobrazi ter jima podari nov oklep in orožje. Preimenujejo se v Toa Nuva.
2003 - Stavka Bohrok-Kal in maska svetlobe
Ko sta Cahdok in Gahdok poražena, so roji Bohrokov ustavljeni in se vrnejo v svoje panje. Vendar se je pojavilo šest novih elitnih Bohrokov, imenovanih Bohrok-Kal, z namenom izpustiti Bahraga. Nato so začeli krasti moči Toa Nuva, ki so ključne za zlom pečata. Na robu poraza Toa v Bohrok-Kal vprežejo vse svoje moči, jih preobremenijo in premagajo.
Kmalu zatem sta dva Matorana, Takua in Jaller, odkrila masko svetlobe Kanohi. Njuna naloga je bila, da potujeta po otoku Mata Nui in poiščeta Toa svetlobe. Medtem je Makuta ustvaril in poslal šest bitij, imenovanih Rahkshi, da bi našla masko in preprečila prihod Toa svetlobe. Rahkshi so se podili po Mata Nuiju in uničili vasi Ta-Koro in Onu-Koro. Toa so Rahkshe zaustavili, a ne prej, preden so ubili Jallerja. Zaradi Jallerjeve smrti je Takua spoznal, da je Toa svetlobe, si nadel masko in postal Toa Takanuva. Takanuva se je šel spopasti z Makuto in med njunim bojem sta oba padla v bazen energiziranega protodermisa, srebrne snovi, ki ima moč spremeniti ali uničiti bitje, in se zlila v bitje Takutanuva. Takutanuva je nato odprl vrata mesta Metru Nui in dovolil Matoranom in Toa, da vstopijo. Z delom svoje življenjske energije je oživil Jallerja, medtem ko je še vedno držal odprta vrata. Vendar je bila poraba energije prevelika in vrata so Takutanuvo zdrobila, pri čemer se je zdelo, da so ubila tako Takanuvo kot Teridaxa, ostala pa je le Takutanuvova Maska svetlobe. Takanuva je takoj oživel, ko je bila njegova maska uporabljena za aktiviranje svetilnika na Metru Nui. Nato so se Matorani pripravili na vrnitev v otoško mesto Metru Nui.
2004 - Legende o Metru Nui
Ko so se Matorani pripravljali na potovanje na Metru Nui, so jim Turagi (vaški starešine) razkrili, da so bili nekoč Toa, ki so se na Metru Nui borili proti grožnjam, kot sta rastlinsko bitje Morbuzakh in Vahkijevi izvršilni oddelki pod nadzorom Dume. Kot Matorani so se v Toa Metru spremenili s kamni Toa, ki so jih žrtvovali Toa Lhikan in so vsebovali moč. Njihova naloga je bila najti šest Velikih diskov in premagati Morbuzakh, rastlinsko grožnjo, ki je grozila, da bo uničila mesto. Ko so to storili, jih je izdal Dume, turaga mesta. Pozneje so odkrili, da se je Makuta Teridax preoblekel v Dumeja in prevzel nadzor nad Vahki (roboti za kazenski pregon). Njegov načrt je bil uspavati Matorane, jim izbrisati spomin in jih ponovno prebuditi "kot njihovega osvajalca". Toa so pobegnili, vendar jih je napadel Teridax. Z združitvijo svojih elementarnih moči so Teridaxa zaprli v zapor iz kristalizirane protodermis. Toa sta odpotovala na nov otok, ki je bil pozneje znan kot Mata Nui, in se zaobljubila, da se bosta vrnila in rešila Matorane.
2005 - Splet senc
Vračajo se. Vendar na otoku kraljujeta zlobni kralj Sidorak in njegov namestnik Roodaka z zlobnimi pajkom podobnimi bitji, imenovanimi Visorak. Toa so kmalu ujeli in mutirali v bestialne Toa Hordike. Da bi se vrnili v normalno stanje, so Toa poiskali legendarnega Rahija Keetonguja. Toa Vakama pa je izdal druge Toa in se pridružil Sidoraku, ki ga je postavil za vodjo Visorakov. Drugi Toa so se v veliki bitki spopadli s hordo Visorakov in prepričali Vakamo, naj se jim ponovno pridruži. Vakama je nato ukazal, naj se Visoraki osvobodijo. Keetongu je nato ubil Sidoraka, ki sta ga Roodaka in Vakama izdala. Šest Toa je nato premagalo Rodako z vsemi svojimi šestimi elementarnimi močmi. Vendar je to imelo stranski učinek, saj je Roodaka osvobodil Makuto, ker je imel pri sebi delček njegovega zapora. Zaradi tega so jo Toa udarili. Ko jih je Keetongu obnovil, so Toa Metru pripeljali Matorane na nov otok. Ko sta žrtvovala svojo moč, da bi prebudila Matorane, sta postala Turaga in pozneje na tem otoku, imenovanem Mata Nui, ustanovila nove vasi.
2006 - Otok usode
Toa Nuva sta izvedela, da Mata Nui ne le spi, ampak tudi umira. Da bi ga rešili, morajo odpotovati na otok Voya Nui in poiskati skrivnostno Kanohi Ignika, Masko življenja. Toa Nuva se odpravita na to pustolovščino, vendar ju hitro ujame šest novih in močnih sovražnikov, Pirakov: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak in Avak. Masko so iskali za svoje temačne namene. Ko se Toa niso vrnili, jim je sledila skupina šestih Matoranov. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu in Matoro so pobegnili na otok v kanistrih Toa, vendar so jih med potovanjem streli svetlobe iz Rdeče zvezde spremenili v Toa Inika. Ob prihodu izvedo za Pirake in kako so zasužnjili lokalne Matorane, ko so se izdajali za lažne Toa, da bi jih prisilili zgraditi trdnjavo. S pomočjo majhnega odpora Matoranov in starodavnega varuha Axonna so Toa Inika uspeli osvoboditi Toa Nuva, najti tempelj maske in se spopasti s Pirako ter drugimi bitji, ki ga varujejo. Na koncu so skupaj s Kanohi prišli do zmage. Toda Maska življenja je imela svojo lastno voljo in se jim v zadnjem trenutku vsem izmakne ter se požene v morske globine.
2007 - Morje teme
Po lovu za Masko življenja so se Toa Inika spustili v vodo, potem ko so od neznanega Matorana, ki je rešil Hahlija pred utopitvijo, vendar je ta umrl zaradi dekompresijske bolezni, prejeli skrivnostni namig "rešite potopljeno mesto".[14] Izbruh energije iz Maske življenja je Toa Inika spremenil v oblike, ki dihajo vodo. Odkrili so naseljeno vas Mahri Nui, ki se je pred tisoč leti odcepila od Voya Nuija in se potopila. Vas so ogrožali starodavni vojskovodje, znani kot Barraki, ki so mutirali zaradi bližnjih mutagenih voda, imenovanih "Jama". Toa, zdaj znani kot Toa Mahri, so se spopadli z Barraki, da bi preživeli. Vendar je Veliki duh umrl, ko sta Toa dobila masko. Toa Matoro je spoznal, da še vedno obstaja upanje, zato je pohitel v jedro vesolja in žrtvoval svoje življenje, da bi oživil Mata Nui. V zadnjih trenutkih svojega življenja je Toa Matoro uporabil moč maske, da je Toa Mahri teleportiral nazaj na Mata Nui in jim omogočil, da so spet dihali zrak. Velikemu duhu so rešili življenje, vendar ga je bilo treba še vedno prebuditi.
2008 - Zadnja bitka
Potem ko jim je Artakha dal nove oklepe in orožje, so Toa Nuva prispeli na Karda Nui, središče vesolja. Tam so se soočili z Makutami, ki so skušali prebivalstvo Av-Matoranov - Matoranov svetlobe - spremeniti v Matorane senc. Toa Nuva sta jim pomagala Takanuva, ki je zdaj zaradi napada s senčno pijavko sposoben nadzorovati Svetlobo in Senco, in Toa Ignika, ki je sama Maska življenja. Kanohi Ignika si je naredil telo, ker je želel videti, kako je biti živo bitje. S skupnimi močmi so dosegli strukturo v središču Karda Nuija, imenovano Codrex, kjer je moral Toa Ignika žrtvovati svoje novo telo, da bi prebudil Mata Nui. Takanuva je s pomočjo preostalih nepokvarjenih Av-Matoranov vrnil senčne Matorane v njihovo prejšnje stanje. Kmalu zatem so Toa pobegnili iz jedra, preden bi jih energijski vihar, ki ga je povzročila prebuditev Mata Nuija, lahko uničil. Makutom pa ni uspelo pobegniti in so bili vsi ubiti. Na Metru Nui so praznovali prebujenje Mata Nuija, vendar je bilo praznovanje prekinjeno, ko se je izkazalo, da je Teridax prevzel telo Mata Nuija, za katerega se je izkazalo, da je vesolje Matoranov. Duha Mata Nuija je ujel v Masko življenja in ga poslal v vesolje, da nekdanji Veliki duh ne bi mogel ovirati njegovega nadzora nad vesoljem.
2009 - Ponovno rojena legenda
Zgodba Bionicle se nadaljuje po tem, ko je Makuta Teridax izgnal Mata Nuija iz njegovega telesa na planet Bara Magna. Z izjemo nekaj živalskih vrst je Bara Magna pust puščavski planet, na katerem je le malo virov, zato ima vsako pleme na planetu nekaj bojevnikov, imenovanih Glatorian, ki se borijo zanje. Ti viri, kot sta hrana in voda, so ustrezno razdeljeni. Prebivalci tega sveta se imenujejo Agori. Agori skupaj sestavljajo šest različnih plemen, vsako od njih je povezano z določeno regijo. Ko Maska življenja pristane na otoku Bara Magna, ustvari telo, ki ga Mata Nui lahko uporabi. Mata Nui se nato združi z nekaj Glatorijanci, da bi premagal združene sile Skrallov in Lovcev na kosti, dveh glavnih groženj za vasi, in poišče način, kako se vrniti v svoje telo. S pomočjo novih prijateljev Glatorijancev in Agorijcev razkrije izdajalca, znanega pod imenom Metus, ter premaga Skrallove in Lovce na kosti. Pomaga vasi sveta, da se združijo, vzame vse velikanske dele robotov in jih poveže v veliko prototipno robotsko telo, telo, podobno tistemu, v katerem prebiva vesolje Matoranov.
2010 - Konec potovanja
Po zmagi nad Skralli in združitvi preostalih vasi se Mata Nui spopade z izzivom, da Teridaxu vrne svoje staro telo. Spozna, da so ga ustvarila Velika bitja na planetu Spherus Magna, ki je zdaj zaradi vojne za jedro razdeljen na džungelsko luno (Bota Magna), oceansko luno (Aqua Magna) in preostali puščavski planet (Bara Magna). Mata Nui tudi izve, da je pred njegovo izgradnjo obstajal prejšnji robot, ki ga Agori uporabljajo kot svoj dom. Agori iz Tesare po imenu Tarduk pomaga Mateju Nuiju tako, da mu pokaže starodavni vir energije, ki bi lahko poganjal starega robota.
Na tem zadnjem potovanju se dva junaka vrneta, da bi končala boj: Tahu, ki se je vrnil v svojo prvotno podobo in nosi mogočni zlati oklep, in Takanuva. Pomaga jima Gresh. Borita se proti Skakdijskemu vojskovodji Nektannu, da bi premagala Makuto in njegovo vojsko; proti hordam Rahkšev, oboroženih s toplotnim vidom, in Skrallom.
Zgodba se nadaljuje, ko se sile vesolja Matoranov in Glatorijancev soočajo s prihajajočim napadom Skakdijev, Rahkšev in Skrallov. Zlati oklep, ki ga je razpršila Makutina eksplozija, zberejo Tahu, Gresh in Takanuva od številnih sovražnikov. Tahu premaga Skakdijskega vojskovodjo Nektanna, nato pa si nadene oklep, ki sežge vse Rahkshije Kraate na Bara Magni.
Teridax trdi, da bo z gravitacijsko energijo uničil Bara Magno, dokler Mata Nui ne potisne njegove roke navzgor, zaradi česar Teridax pošlje energijski val na lune nad njim. Mata Nui potisne Teridaxa nazaj v eno od bližajočih se lun, zeleno luno Bota Magna, katere udarec uniči njegov osrednji procesor, kar Teridaxa ubije. Mata Nui nato v mislih žaluje za bratom, ki bi ga lahko imel.
Finale se konča, ko Mata Nui uporabi svojo moč in moč Maske življenja, da ponovno združi Spherus Magno, ozdravi tiste, ki jih je mutiral Pit Mutagen, vrne življenje na planet in obnovi uničene geografske značilnosti. Zaradi napora se njegovo jedro moči razprši in uniči prototip robota. Ko Glatorijan in Toa odkrijeta Ignika nepoškodovanega na lokaciji, kjer je bil Mata Nui, jim Mata Nui spregovori iz Maske življenja. Pove jim, da je prihodnost njihova last in da jo morajo zgraditi sami. Nato ostane v mirujočem stanju v Igniki. Agori, Matorani, Toa, Glatorijanci in vsi drugi začnejo novo življenje na Spherus Magni.
Prihodnost igre Bionicle
Linija igrač Bionicle se je končala konec leta 2009, ko so bili kompleti za leto 2010 dokončani za izdajo, poleti 2010 pa jo je nadomestila Tovarna junakov, tema Lego, ki je združljiva s kompleti Bionicle. Kljub temu se zgodba nadaljuje v nadaljevankah, ki jih Greg Farshtey piše na spletni strani BIONICLEstory.com.