St. Louis Rams
Sezona 1999
Warner je bil v redni sezoni 1998 in predsezoni 1999 rezervni igralec moštva St. Louis Rams. Ko se je na predsezonski tekmi poškodoval njihov glavni quarterback Trent Green, je Warner postal začetnik. Imel je eno najboljših sezon za quarterbacka v zgodovini lige NFL, saj je odvrgel 4353 jardov z 41 prijemi in 65,1-odstotnim deležem zaključenih metov. Zelo dober napad Ramsov je dobil vzdevek "The Greatest Show on Turf". Na prvih treh tekmah, ko je bil glavni quarterback, ki je igral, je na vsaki tekmi vrgel tri podaje za touchdown. Je edini quarterback NFL v zgodovini, ki mu je to uspelo, in šele drugi, za Danom Marinom, ki mu je to uspelo v prvih dveh nastopih v ligi NFL.
Ker ni veliko ljudi vedelo, kdo je Warner, ga je revija Sports Illustrated 18. oktobra 1999 objavila na naslovnici z napisom "Kdo je ta fant?" Ob koncu sezone je bil imenovan za najkoristnejšega igralca lige NFL za leto 1999. V končnicah lige NFL je vodil ekipo Rams do zmage v Super Bowlu XXXIV proti ekipi Tennessee Titans. Vrgel je dva touchdowna in dosegel rekordnih 414 jardov podajanja na Super Bowlu. Postavil je tudi rekord Super Bowla, saj je vrgel 45 podaj brez prejetja.
Takoj po zmagi Ramsov na Super Bowlu je intervjuvanec vprašal Warnerja: "Kurt, najprej mi povej o zadnji podaji za touchdown Isaacu." Odgovoril je: "Najprej se moram zahvaliti svojemu Gospodu in Odrešeniku zgoraj - hvala, Jezus!" Prejel je naziv najkoristnejšega igralca Super Bowla. S tem je postal eden od le šestih igralcev, ki so v istem letu osvojili nagrado MVP lige in nagrado MVP Super Bowla. Drugi so Bart Starr leta 1966, Terry Bradshaw leta 1978, Joe Montana leta 1989, Emmitt Smith leta 1993 in Steve Young leta 1994.
Sezona 2000
Warner je dobro igral tudi v sezoni 2000. Warner in Trent Green sta v tej sezoni igrala na mestu podajalca in oba sta igrala dobro. Vendar so Ramsovi v krogu playoffa izgubili v igri za divjo karto proti New Orleans Saints, predvsem zato, ker njihova obramba ni bila zelo dobra, čeprav so bili Warner in preostali napadalci še vedno zelo dobri. Devet od enajstih obrambnih igralcev Ramsov je bilo med sezono odpuščenih, Green pa je bil zamenjan s Kansas City Chiefs.
Sezona 2001
Warner je v sezoni 2001 igral zelo dobro. V ligi je dosegel 36 podaj s touchdownom in 4.830 jardov podaj, pri čemer je v karieri dosegel najvišjo stopnjo zaključenih podaj, in sicer 68,7 %. Vodil je ekipo Rams do najboljšega rezultata v ligi NFL 14-2 in jo popeljal na Super Bowl XXXVI, vendar so izgubili proti New England Patriots. Ob koncu sezone je bil drugič imenovan za najkoristnejšega igralca lige NFL.
sezoni 2002 in 2003
Warner je sezono začel z 0-3 kot začetnik, pri čemer je vrgel sedem prestreljenih metov in le en touchdown. Na četrti tekmi proti ekipi Dallas Cowboys si je zlomil prst na roki za metanje. Čeprav se je pozneje v sezoni poskušal vrniti, je zaradi poškodbe lahko odigral le še dve tekmi, obe pa je izgubil. V nasprotju z njegovim 103,4 ratinga podajanja v karieri pred to sezono je imel leta 2002 le 67,4 ratinga. Kot glavnega quarterbacka Ramsov so ga zamenjali, potem ko je na uvodni tekmi sezone 2003 proti ekipi New York Giants šestkrat zgrešil. Marc Bulger, ki ga je zamenjal za glavnega quarterbacka Ramsov, je bil dvakrat uvrščen na Pro Bowls.
New York Giants
Ovni so Warnerja odpustili 1. junija 2004. Le dva dni pozneje je podpisal dveletno pogodbo z New York Giants. Sezono 2004 je začel kot glavni branilec. Zmagal je pet od prvih sedmih tekem, vendar je po neuspešni igri v seriji dveh porazov kot glavni quarterback nastopil novinec Eli Manning. Trener Giantsov Tom Coughlin je pozneje dejal, da Warnerja ne bi smel nikoli postaviti v igro, temveč bi moral od začetka igrati z Manningom, da bi mu dal izkušnje, ki jih potrebuje za krepitev samozavesti. V času, ko je začel igrati Manning, so imeli Giants rekord 5-4 zmag in porazov, skupno pa so končali z rezultatom 6-10 (pod Manningom le 1-6).
Arizona Cardinals
Sezona 2005
V začetku leta 2005 je Warner podpisal enoletno pogodbo z ekipo Arizona Cardinals, vredno 4 milijone dolarjev. Trener Dennis Green ga je kmalu imenoval za glavnega podajalca. Na treh tekmah je igral slabo, nato pa si je poškodoval dimlje. Nato ga je zamenjal nekdanji začetnik Josh McCown. McCown je med Warnerjevo poškodbo na dveh tekmah igral dovolj dobro, da je trener Green McCowna imenoval za začetnika do konca sezone.
Ker je bil Warner rezervni branilec, so mnogi mislili, da ne bo nikoli več glavni branilec. Ker pa je McCown na dveh zaporednih tekmah igral slabo, je trener Green Warnerja postavil za glavnega quarterbacka. V naslednjih treh tednih je igral dobro, vendar se je njegova sezona končala v 15. tednu, ko si je delno strgal križni vezi.
Sezona 2006
Warner je 14. februarja 2006 podpisal novo triletno pogodbo s Cardinalsom. Osnovna plača v pogodbi je znašala 18 milijonov dolarjev, če pa bi igral dobro, bi lahko v treh letih prejel kar 22 milijonov dolarjev.
V tretjem tednu sezone 2006 je Warner na svoji 76. tekmi presegel mejo 20.000 jardov podajanja. To je bila ena tekma več kot rekorder Dan Marino, vendar je Warnerju to uspelo v devetem letu, Marinu pa v petem. Potem ko je Matt Leinart na treh tekmah od 2. do 4. tedna igral slabo, je Warner v četrti četrtini 4. tedna zamenjal novinca Leinarta. V 16. tednu je Leinart proti San Franciscu 49ers poškodoval ramo, zato je Warner lahko igral prvič po 4. tednu. Na tej tekmi se je dobro odrezal, Cardinals pa so zmagali.
Sezona 2007
Na tretji tekmi sezone 2007 proti ekipi Baltimore Ravens je Warner stopil s klopi, ker Leinart spet ni igral dobro. Vodil je povratno tekmo, pri čemer je opravil 15 podaj od 20 poskusov za 258 jardov in 2 touchdowna. S tem so prišli do izenačenja (23:23), a ko so Ravensi v zadnji sekundi dosegli gol, je Arizona izgubila tekmo s 26:23. 30. septembra 2007 je na tekmi 4. tedna proti Pittsburgh Steelers vstopil namesto Leinarta, ker ta spet ni igral dobro. Leinart je bil pozneje uvrščen na seznam poškodovanih igralcev, zato je bil Warner imenovan za začetnika do konca sezone 2007.
Warner je v sezoni 2007 dosegel 27 zadetkov, kar je le eden manj kot rekord franšize Cardinals. Ker je igral dobro, je za leto prejel bonus v višini 1 milijona dolarjev. Njegovih 3 417 jardov podaj, 27 podaj s prijemom in 89,8 ocene podaje so bili njegovi najboljši dosežki po sezoni 2001.
Sezona 2008/odločilne tekme
Matt Leinart je bil imenovan za začetnika Cardinalsov v sezoni 2008, vendar je Ken Whisenhunt dejal, da se lahko zgodi, da bo Warner postal začetnik Cardinalsov pred začetkom sezone. Warner je bil imenovan za začetnika 30. avgusta 2008. V tej sezoni je imel Warner zelo dobro sezono in 16. decembra 2008 je bil imenovan za začetnega quarterbacka ekipe NFC na tekmovanju Pro Bowl 2009. Warner in ekipa Cardinals sta zmagala na vseh treh tekmah playoffa, vendar sta v Super Bowlu izgubila proti ekipi Pittsburgh Steelers. Warner je tako v Super Bowlu dosegel rezultat 1:2. James Dobson, začetnik organizacije Focus on the Family, je Warnerja podpiral in 30. januarja 2009 celo predvajal radijski posnetek Warnerja in njegove žene.