Na predsedniških volitvah leta 1860 je zmagala republikanska stranka pod vodstvom Abrahama Lincolna. Južnjaki so bili ogorčeni nad izvolitvijo Lincolna, ki je nasprotoval suženjstvu na ozemljih in v novih državah. Po volitvah se je sedem južnih držav odcepilo in razglasilo neodvisnost od Unije. Ustanovile so Konfederativne države Amerike, še preden je Lincoln 4. marca 1861 postal predsednik. Odhajajoči predsednik ZDA James Buchanan je dejal, da je to v nasprotju z zakonom, vendar ni storil ničesar, da bi jih ustavil. Lincoln in njegova republikanska stranka sta odcepitev obravnavala kot upor.
Spopadi so se začeli, ko so konfederati bombardirali trdnjavo Fort Sumter, ki je bila v lasti vojske Unije. Lincoln je za 90 dni pozval 75 000 prostovoljcev. Uvedel je tudi blokado južne obale in pristanišč. Lincoln je imel največ 40 uporabnih vojaških ladij, zato je moral začeti graditi svojo mornarico. S tem naj bi preprečil, da bi Jug izvažal svoj bombaž in uvažal vojni material, ki ga je potreboval za vodenje vojne. Sever je moral razviti tudi floto topniških čolnov za "mornarico na rjavih vodah". Ta naj bi podpirala vojsko Unije pri operacijah okoli velikih rek, kot je Mississippi.
ladjedelnica Norfolk
Leta 1861 se je Virginija pridružila Konfederaciji držav Amerike. V strahu, da bi Konfederacija prevzela nadzor nad obratom, je poveljnik ladjedelnice Charles Stewart McCauley ukazal požig ladjedelnice. Takrat se je ladjedelnica imenovala Gosport Navy Yard. Kljub nasprotujočim si ukazom ministra za mornarico, odstopu številnih častnikov in odhodu večine delavcev ladjedelnice so njegovi preostali možje začeli uničevati ladjedelnico. Ladje, ki niso mogle oditi same, so bile požgane. Med njimi je bila tudi vojaška ladja Unije USS Merrimack. Nazadnje sta bila dva moža, ki sta nameščala razstrelivo za razstrelitev suhega doka, ujeta, še preden sta lahko končala svoje delo. Konfederatom je uspelo popraviti Gosport in iz njega ponovno narediti delujočo ladjedelnico.
Z zavzetjem ladjedelnice je v roke konfederacije prišla ogromna količina vojaškega materiala. Konfederacija je odnesla in uporabila skupno 1 195 težkih topov. Uporabljali so jih na številnih območjih od Hampton Roads vse do Fort Donelsona v Tennesseeju. Ko so zapustili ladjedelnico, so se sile Unije umaknile v Fort Monroe čez Hampton Roads. To je bilo edino ozemlje na tem območju, ki je ostalo pod nadzorom Unije.
V začetku leta 1862 so iz zgorelega trupa ladje USS Merimack obnovili konfederacijsko železno bojno ladjo CSS Virginia. V naglici, ko so zapuščali ladjedelnico, je bila ladja Merrimack uničena le nad vodno črto. Konfederati so nad zgorelim trupom zgradili oklepno nadgradnjo. Marca in aprila 1862 je bila konfederacijska železna ladja blizu temu, da bi ogrozila premoč mornarice Unije. V Hampton Roads je Virginia skoraj po mili volji začela potapljati blokadne vojaške ladje Unije. Floto je rešil prihod železne ladje Unije USS Monitor, ki se je z Virginio spopadla v bitki pri Hampton Roads. Vendar po večurnem boju nobena ladja ni mogla premagati druge. Obe ladji sta zapustili boj in razglasili zmago. Vendar konfederatom ni uspelo prebiti blokade. Ko je maja 1862 padel Norfolk, je posadka uničila ladjo CSS Virginia, da je ne bi zajeli. Konfederacijska mornarica je gradila še dve železni ladji. Toda preden sta bili dokončani, je ladjevje Unije zavzelo pristanišče in mesto New Orleans, kjer so ju gradili.
Trgovinski napadalci
Konfederacijska mornarica je spoznala, da ima mornarica Unije več ladij, topov in ljudi, ki jih je imela z omejenimi sredstvi. To je zahtevalo spremembo strategije. Najprej so zgradili utrdbe za varovanje svojih ključnih rek in pristanišč. Za pomoč pri tem bi zgradili topniške čolne. Drugič, Jug je vzpostavil floto vojaških ladij za napade na trgovske ladje Unije na morju. Za pomoč pri teh prizadevanjih so naročili tudi zasebnike.
To ni bil nov koncept. Američani so med ameriško revolucionarno vojno uspešno izvajali trgovske napade na britanske trgovske ladje. Ob premoči vojne mornarice Unije so ugotovili, da jim bo gradnja lažjih in hitrejših križark omogočila prehitevanje večjih vojaških ladij in napade na počasnejše in običajno neoborožene trgovske ladje. Ker je imel Jug malo ladjedelniških zmogljivosti, so te ladje izdelali v Veliki Britaniji. To je bilo tehnično nezakonito, saj je bila Velika Britanija nevtralna država. Zato so morale biti ladje zgrajene v tajnosti.
Med uspešnejšimi in najbolj znanimi konfederacijskimi trgovskimi napadalci so bili:
- CSS Florida je bila prva od trgovskih ladij, zgrajenih v Angliji. Iz Liverpoola je odplula kot Orto, 17. avgusta 1862 pa so jo na Bahamih imenovali CSS Florida. Ujela je 37 trgovskih ladij, dve od teh pa sta bili predelani v trgovske raiderje. Skupaj sta zajeli še 23 ladij. V nevtralnem pristanišču Bahia v Braziliji jo je nezakonito zajela ladja USS Wachusett.
- CSS Alabama je v 22 mesecih zajela 65 trgovskih ladij. Od tega jih je 52 zažgala, 10 prodala, eno pa predelala v drugo trgovsko ladjo, USS Tuscaloosa. Potopila je tudi ameriški topniški čoln USS Hatteras, edino ladjo Unije, ki jo je na odprtem morju izgubil konfederacijski raider. Potopljena je bila v bitki z USS Kearsarge pred pristaniščem Cherbourg v Franciji.
- CSS Jefferson Davis, eden najuspešnejših napadalcev, ki je v dveh mesecih zajel devet severnih trgovskih plovil. Bila je 187-tonska ladja, ki je bila nekoč suženjska ladja. Davis je bil potopljen v viharju pri St. Augustinu na Floridi z vsemi ladjami, razen dveh, ki so bile plen.
- CSS Sumter je bila parna križarka, zgrajena leta 1859 v Philadelphiji. Leta 1861 jo je v New Orleansu kupila konfederacijska vlada in jo imenovala Sumter. V šestih mesecih je zajela 18 ameriških trgovskih ladij. Od teh jih je 8 zažgala, 9 pa izpustila ali vezala. Ameriške vojaške ladje so jo blokirale v pristanišču Gibraltar. Tam se je izmenjalo več ameriških vojaških ladij, ki so ji preprečile, da bi zapustila pristanišče. Prodana je bila na dražbi 19. decembra 1862, vendar je še naprej delovala kot konfederacijska blokadna ladja, ki se je preimenovala v Gibraltar in plula pod britansko zastavo. Številne ameriške vojaške ladje so jo lovile in jo držale v pristanišču.
Privateers
Konfederacija je prav tako izdala pismo o prepovedi vdora vsem zasebnim kapitanom ladij, ki so želeli zaslužiti z napadi na ameriška trgovska plovila. Sprva je bilo tveganje majhno, ladjo in njen tovor pa so obdržali podobno kot pirati. Lastnik in posadka sta si razdelila velike dobičke. Izogibali so se spopadom z vojaškimi ladjami Unije in bili običajno dovolj hitri, da so jih prehiteli.
Pri tej shemi je bila le ena težava. V Pariški deklaraciji o pomorskem pravu, podpisani leta 1865, je bilo zasebništvo prepovedano. Vsi zasebniki so veljali za pirate in so bili ob ujetju kaznovani s smrtno kaznijo. Čeprav ZDA niso podpisale sporazuma, je predsednik Lincoln razglasil, da so konfederacijski zasebniki pirati, za pirate pa velja smrtna kazen. To ni ustavilo številnih podjetnih južnjakov, da niso opremili ladje in se vključili v piratstvo na odprtem morju. Ena od prvih zaseženih ladij je dejansko škodovala jugu. Šlo je za tovor sadja, ki je bil namenjen v pristanišče New Orleans.
Kmalu so nezakonite zasebne ladje napadale tovorne ladje v Mehiškem zalivu in na vzhodni obali Združenih držav. Zgodnja zmaga Unije je bila zajetje ladje CSS Savannah, ki je bila na morju le dva dni. Posadka se je hitro znašla pred sodiščem zaradi piratstva. Konfederacija je zagrozila, da bo ujete severne mornarje obesila, če bo posadka usmrčena. Na koncu je sodišče Unije umaknilo obtožbe piratstva in posadko zadržalo kot vojne ujetnike. Kasneje je bila posadka zamenjana v okviru izmenjave ujetnikov.
Torpedna služba
Sodobni torpedo je podvodna eksplozivna naprava v obliki cigare, ki se sama poganja in je namenjena uničenju druge ladje ali podmornice. Med državljansko vojno bi bilo to, kar so takrat imenovali torpedo, najbolje opisati kot pomorsko mino. konfederacijski predsednik Davis je njihovi uporabi nasprotoval. Menil je, da so strahopetno orožje in da jih je neetično uporabljati proti komur koli. Kljub Davisovemu nasprotovanju je kongres konfederacijskih držav sprejel zakon, s katerim je odobril nagrade za vse, ki so izumili nove načine za razstreljevanje sovražnih plovil s pomočjo podmornic in min.
V St. Louisu v zvezni državi Missouri so konfederati skrivali eksploziv v drva, ki so jih uporabljali za kurjavo kotlov parnikov Unije na rekah Mississippi in Missouri. Leta 1861 je Matthew Fontaine Maury prvič uporabil mine kot orožje proti sovražnim ladjam. V Virginiji so njegovi "peklenski stroji" naredili reko James skoraj popolnoma neprehodno.
Drugi izum je bil torpedo na premog. Prikrito je bil videti kot kos premoga, ki je eksplodiral, ko je bil vržen v kotel. Drugi izum se je imenoval "horološki torpedo". Imel je časovnik, ki je omogočal zakasnitev eksplozije. Razvili so tudi boljše varovalke in močnejše eksplozive.
Obe strani sta uporabljali podvodne mine. Konfederacija je bila uspešnejša. Leta 1862 so konfederacijske mine potopile železno ladjo Unije USS Cairo. Unijske mine so uničile ali poškodovale še več deset ladij Unije, medtem ko so torpedne mine Unije potopile le okoli šest ladij konfederacijske mornarice.
