Položaj polkovnika
V kongresu se je Sickles pridružil južnjaškim demokratom in bil tudi sam zagovornik suženjstva. Po izbruhu vojne pa je nenadoma postal prounijsko usmerjen. Njegovo zadnje zasedanje v kongresu se je končalo marca, tako da je bil Sickles ob začetku vojne spet v New Yorku, kjer je opravljal odvetniško prakso. V poznejših različicah svojih motivov za pridružitev vojski Unije je navedel, da je menil, da bi lahko Uniji najbolje služil tako, da bi ustanovil polk. Republikanski predsednik Lincoln je potreboval podporo demokratov in očitno je v Sicklesu videl nekoga, ki bi ga lahko uporabil. Po ustanovitvi polka in nato brigade, ki jo je poimenoval Excelsior Brigade, je Sickles domneval, da bo dobil čin brigadnega generala (polkovnik je poveljeval polku, brigadni general pa brigadi). Vendar je uradno ostal polkovnik prvega polka, čeprav je poveljeval celotni brigadi. Newyorški guverner Edwin D. Morgan se je odločil, da je bilo iz New Yorka preveč polkov, in Sicklesu ukazal, naj nekatere polke razpusti. Zaradi tega Sickles ni mogel dobiti pooblastila brigadnega generala. Sickles je obšel guvernerja in odšel v Washington na srečanje z Lincolnom. Predsednik se je strinjal, da se razpuščeni polki vpišejo v prostovoljce Združenih držav Amerike. Končno so 20. julija 1861 prejeli ukaz, naj se zglasijo v Harpers Ferryju v Zahodni Virginiji. Septembra je bil Sickles imenovan za brigadnega generala prostovoljcev, vendar je senat Združenih držav Amerike njegovo potrditev več mesecev zavlačeval. Sicklesova brigada je večino leta 1861 preživela v spodnjem delu Marylanda. Sickles je v tem času pogosto obiskoval Lincolnove v Washingtonu. Marca 1862 je bilo njegovo poveljstvo dodeljeno generalu Josephu Hookerju v vojski Potomac. Istega meseca je senat zavrnil Sicklesovo pooblastilo za brigadnega generala. Tega meseca so Excelsiorji doživeli svoj prvi boj. Sickles je osebno vodil izvidovanje. Nato je 6. aprila zapustil Excelsiorje in odšel v Washington, da bi protestiral proti temu, da ni bil imenovan za brigadnega generala. Medtem ko se je njegova enota borila v kampanji na polotoku, je Sickles ostal v Washingtonu. Lincoln ga je ponovno predlagal za generala in senat ga je 3. maja 1862 potrdil.
Brigadni general
24. maja je "brigadni general" Sickles dobil ukaz, naj poroča Hookerju. Prevzel je poveljstvo Hookerjeve 2. brigade. Sickles je svoj prvi večji spopad doživel v bitki pri Seven Pines. Naslednji boj je Sickles doživel v sedemdnevnih bitkah. Hookerjevo napredovanje ni šlo dobro, deloma tudi zato, ker je imela Sicklesova brigada težave pri premikanju skozi močvirja, nato pa je naletela na močan odpor konfederacije. Ko se je nekaj njegovih mož zlomilo in pobegnilo v zaledje, jih je Sickles le nekaj uspel pripraviti do tega, da so se vrnili. Kljub temu je Hookerjevo poročilo zapisalo Sicklesovo hrabrost, ko je poskušal zbrati svoje može. Sickles ni ostal dolgo in je zamudil drugo bitko pri Bull Runu in bitko pri Antietamu, saj je bil v New Yorku, kjer je novačil moške za svojo brigado. Ko je Ambrose Burnside zamenjal Georgea B. McClellana kot poveljnik Potomske armade, sta bila tako Hooker kot Sickles premeščena na višje položaje in sta poveljevala večjim enotam. Sickles še vedno ni imel skoraj nobenih izkušenj na bojišču, vendar je zdaj vodil Hookerjevo staro drugo divizijo III. korpusa. Sickles se je ukvarjal s tem, da so newyorški časopisi in washingtonski insajderji promovirali njegovo podobo prekaljenega bojnega generala.
Decembra 1862, v bitki pri Fredericksburgu, je Sicklesova brigada do tretjega dne ne bila v boju. S svojimi vojaki je opazoval, kako se enote Unije borijo proti Leejevim konfederatom v hribih. Po 14. uri so Sicklesu končno ukazali, naj gre na fronto. Ko je vodil svoje vojake, so ugotovili, da se je bitka na njihovem odseku večinoma končala. Svoje položaje so zavarovali pred omejenim ostrostrelskim ognjem in nekaj spopadi, sicer pa niso bili priča nobenemu boju.
Generalmajor
Ko so Burnsida zamenjali na mestu poveljnika Potomske armade, so Hookerja premestili na njegovo mesto. V novih nalogah, ki so bile posledica te spremembe, je Sickles, čeprav je imel malo izkušenj na bojišču, dobil začasno poveljstvo III. korpusa. Vendar senat tudi tokrat ni potrdil njegovega povišanja v generalmajorja. Končno je senat 9. marca (z datumom povišanja 29. novembra) potrdil njegovo povišanje. Konec marca je bil Sickles uradno generalmajor. Za razliko od prejšnjih bitk je bil Sickles v bitki pri Chancellorsvillu v akciji. Ko je Sickles opazoval obkolitveni manever konfederacijskega generala Stonewalla Jacksona, je brez ukaza z dvema tretjinama svojega korpusa krenil naprej, da bi napadel konfederate. Zaradi tega je bil XI. korpus na njegovi desni popolnoma osamljen. Jacksonovi konfederati so nato izvedli uničujoč napad na XI. korpus. Sickles, ki je zapustil dodeljeni položaj, je bil glavni dejavnik konfederacijske zmage. S tem se je začel spor med Hookerjem in Sicklesom, ki se je nadaljeval do bitke pri Gettysburgu. Hooker je Sicklesa krivil za poraz pri Chancellorsvillu.
Gettysburg
27. junija je Hooker odstopil s položaja poveljnika Potomske armade. New York Herald je med poveljniki korpusov, ki so ga predlagali za njegovo zamenjavo, dejansko predlagal Sicklesa kot najboljšega poveljnika za to delo. Lincoln je 28. junija, tri dni pred bitko pri Gettysburgu, imenoval generala Georgea G. Meada za Hookerjevega namestnika. Prvi dan 1. julija se je končal z zmago konfederacije. Meade si je prizadeval hitro pripraviti svoje sile za bitko naslednjega dne. Zgodaj zjutraj 2. julija je Meade poslal sporočilo Sicklesu z navodili, naj svoj korpus z 12.000 vojaki postavi na Cemetery Ridge. Posebej mu je ukazal, naj se na njegovi desni strani poveže z II. korpusom generala Winfielda Scotta Hancocka, na njegovi levi pa razširi svojo linijo do Little Round Topa.
Sickles ni bil navdušen nad svojim novim poveljnikom ali njegovimi ukazi. Okoli 11. ure se je odpeljal do Meadovega štaba in čakal na Meada. Toda poveljnik je bil takrat zelo zaposlen. Sickles se je počutil prezrtega in se vrnil k svojim enotam. Odločil se je, da mu njegovi ukazi niso všeč. Miljo pred njim je bila cesta Emmitsburg Road, ki je bila višje, kot mu je bilo dodeljeno, da jo zasede. Prav tako mu ni bilo všeč, da so bile med njegovo linijo skale in drevesa. Sickles je brez ukazov in ne da bi o tem obvestil poveljnike drugih korpusov, premaknil svoj korpus za približno eno miljo naprej. S tem je Hancockovo levo krilo ostalo popolnoma odprto, v liniji, kjer naj bi bil njegov korpus, pa je nastal velik prelom. Novi položaj, ki si ga je izbral, je bil širši od tistega, ki ga je zapustil, in ni imel dovolj mož, da bi ga v celoti pokril. Sredina njegove linije je tvorila salient (pravi kot v liniji, ki ga je bilo mogoče napasti z dveh smeri). Brigadni general Henry Hunt, vodja artilerije, je skupaj s Sicklesom pregledal novi položaj in opozoril na težave. Dejal je, da mora pri Meadu preveriti, ali je mogoče spremeniti ukaze, ki jih je dal Sicklesu. Sickles je vseeno izvedel premik. V eni uri je bil celoten njegov III. korpus skoraj uničen s strani korpusa konfederacijskega generala Jamesa Longstreeta. Sicklesa je zadela topovska krogla in mu zlomila nogo. Odnesli so ga s polja, nekaj ur pozneje pa so mu amputirali desno nogo. Poškodba ga je morda rešila pred vojaškim sodiščem zaradi neupoštevanja ukazov, vendar je bilo njegovih dni kot poveljnika na terenu konec.