Babilonsko in perzijsko obdobje (586-333 pr. n. št.)
Leta 586 pred našim štetjem so Babilonci pod vodstvom kralja Nebukadnezarja II. zavzeli Jeruzalem, uničili Salomonov tempelj, končali Davidovo kraljevanje in odpeljali ljudi v ujetništvo. V Judeji, zdaj babilonski pokrajini Jehud s prestolnico v Mizpi na nekdanjem ozemlju Benjamina, severno od Jeruzalema, so ostali le najrevnejši. Nekaj let pozneje, spet po Svetem pismu, so vladarja Jehuda ubili tekmeci, kar je sprožilo nov eksodus beguncev, tokrat v Egipt. Tako je bilo judovsko ljudstvo okoli leta 580 na treh različnih lokacijah: elita v Babilonu (kjer je bilo z njimi dobro ravnano), velika skupnost v Egiptu in preostanek v Judu. Izgnanstvo se je končalo, ko je perzijski Kir Veliki osvojil Babilon (po tradiciji leta 538 pr. n. št.). Perzijci so Judo/Jehud ponovno ustanovili kot provinco ("Yehud medinata") znotraj satrapije "Za reko" in v naslednjem stoletju so se nekateri izgnanci vrnili v Jeruzalem. Tam so sčasoma obnovili tempelj (tradicionalno 516/515 pr. n. št.), vendar je upravna prestolnica več kot stoletje ostala v Mizpi. Samarija je medtem ostala kot pokrajina Semarina v isti satrapiji kot Jehud.
Perzijsko obdobje
Leta 539 pred našim štetjem so Perzijci osvojili Babilon in leta 537 pred našim štetjem začeli perzijsko obdobje judovske zgodovine. Leta 520 pr. n. št. je KirVeliki dovolil Judom, da se vrnejo v Judejo in obnovijo tempelj (dokončan 515 pr. n. št.). Za guvernerja je imenoval Zerubbabela (vnuka predzadnjega judovskega kralja Joahina), vendar ni dovolil obnove kraljestva. Vpliv zoroastrizma na monoteizem, judovstvo in tudi krščanstvo je še vedno predmet znanstvenih razprav.
Brez močnega kralja je tempelj postal močnejši, duhovniki pa so postali prevladujoča oblast. Vendar je bil drugi tempelj zgrajen pod tujo oblastjo in o njegovi legitimnosti so se še vedno pojavljala vprašanja. To je omogočilo, da so se v judovstvu v naslednjih stoletjih razvile različne sekte, ki so trdile, da predstavljajo "judovstvo". Večina teh sekt je običajno odvračala od družabnih stikov, zlasti od poroke, s pripadniki drugih sekt.
Ob koncu babilonskega izgnanstva je bil zgrajen ne le drugi tempelj, ampak po dokumentarni hipotezi tudi končna različica Tore. Čeprav so duhovniki nadzorovali monarhijo in tempelj, so pismouki in modreci (ki so pozneje postali rabini) monopolizirali študij Tore, ki so jo (od Ezrovega časa naprej) javno brali ob tržnih dnevih. Ti modreci so poleg Svetega pisma razvijali in ohranjali ustno izročilo ter se poistovetili s preroki. Po besedah Geze Vermesa so takšne pismouke pogosto nagovarjali z osnovnim izrazom spoštovanja, "gospod".
helenistično in rimsko obdobje (333 pr. n. št. - 70 n. št.)
Helenistično obdobje se je začelo leta 332 pred našim štetjem, ko je Aleksander Veliki osvojil Perzijo. Po njegovi smrti leta 323 pred našim štetjem so si njegovo cesarstvo razdelili njegovi generali. Sprva so Judeji vladali egipčansko-helenski Ptolemajci, vendar je leta 198 pr. n. št. nadzor nad Judejo prevzelo sirsko-helenistično Selevkidsko cesarstvo pod vodstvom Antiohusa III.
V helenističnem obdobju je po eni od teorij prišlo do kanonizacije Tanakha (hebrejskega Svetega pisma) in pojava zunajbiblijskih svetih izročil. Najzgodnejši dokazi o judovskem mističnem izročilu se nanašajo na Ezekielovo knjigo, napisano v času babilonskega izgnanstva. Skoraj vsa znana mistična besedila pa so bila napisana ob koncu obdobja drugega templja. Nekateri znanstveniki menijo, da so na ezoterične tradicije kabale (judovske mistike) vplivali perzijska verovanja, platonska filozofija in gnosticizem.
2 Esdra 14,45-46, ki je bil napisan v drugem stoletju našega štetja, pravi: "Štiriindvajset knjig, ki si jih napisal najprej, daj v javnost in naj jih berejo vredni in nevredni, sedemdeset knjig, ki so bile napisane nazadnje, pa obdrži, da jih daš modrim med svojim ljudstvom." To je prva znana omemba kanoniziranega hebrejskega Svetega pisma, sedemdeset nekanoniziranih besedil pa je bilo morda mističnih; Talmud namiguje na druge mistične tradicije, ki imajo morda korenine v judovstvu drugega templja.
Bližnji vzhod je bil svetovljanski, zlasti v helenističnem obdobju. Uporabljalo se je več jezikov, o lingua franca pa se še vedno razpravlja. Judje so med seboj skoraj zagotovo govorili aramejsko. Grščino so pogosto uporabljali v celotnem vzhodnem delu Sredozemlja. Judovstvo se je hitro spreminjalo, odzivalo in prilagajalo širšemu političnemu, kulturnemu in intelektualnemu svetu, kar je pritegnilo tudi interese ne-judov. Zgodovinar Shaye Cohen je opazil:
Vsi judaisti helenističnega obdobja, tako v diaspori kot v izraelski deželi, so bili helenizirani, tj. bili so sestavni del kulture antičnega sveta. Nekatere različice judovstva so bile bolj helenizirane kot druge, vendar nobena ni bila otok zase. Zmotno si je predstavljati, da je palestinska dežela ohranila "čisto" obliko judovstva, diaspora pa je bila dom ponarejenih ali razredčenih oblik judovstva. Izraz "helenistično judovstvo" je torej smiseln le kot kronološki kazalec za obdobje od Aleksandra Velikega do Makabejcev ali morda do rimskih osvajanj v prvem stoletju pred našim štetjem. Kot opisni izraz za določeno vrsto judovstva pa je nesmiseln, saj so bila vsa judovstva helenističnega obdobja "helenistična". (Cohen 1987: 37)
Kulturni boji s helenizmom
Veliko Judov je živelo v diaspori, v judovskih pokrajinah Judeji, Samariji in Galileji pa so živeli številni pogani (ki so se pogosto zanimali za judovstvo). Judje so morali živeti z vrednotami helenizma in helenistične filozofije, ki so bile pogosto v neposrednem nasprotju z njihovimi vrednotami in tradicijami. Helenistična kultura je na splošno veljala za civilizacijo, ki prinaša civilizirane vrednote in načine življenja ljudem, za katere je menila, da so izolirani, zaostali ali izrojeni.
V Jeruzalemu so na primer pred templjem zgradili kopališča v grškem slogu in tudi v tem mestu je gimnazija postala središče družabnega, športnega in intelektualnega življenja. Mnogi Judje, tudi nekateri bolj aristokratski duhovniki, so sprejeli te ustanove, čeprav so na Jude, ki so to storili, pogosto gledali zviška zaradi njihove obrezanosti, ki so jo Judje videli kot znamenje zaveze z Bogom, helenistična kultura pa jo je obravnavala kot estetsko oskrunitev telesa. Zato so nekateri Judje začeli opuščati prakso obrezovanja (in s tem zavezo z Bogom), drugi pa so se zgražali nad grško prevlado.
Istočasno, ko so se Judje soočali s kulturnimi razlikami, so se morali soočiti s paradoksom v svojem izročilu: zakoni Tore so veljali le zanje in za prozelite, vendar so verjeli, da je njihov Bog eden in edini Bog vseh. To je privedlo do novih razlag Tore, od katerih so bile nekatere pod vplivom helenistične misli in kot odgovor na zanimanje poganov za judovstvo. V tem obdobju so v judovstvo vstopili številni koncepti zgodnje grške filozofije ali pa so nanj vplivali, prav tako pa tudi razprave in sekte znotraj takratne religije in kulture.
Leta 331 pred našim štetjem je Aleksander Veliki zavzel Perzijskocesarstvo. Po njegovi smrti leta 323 pr. n. št. je cesarstvo razpadlo, pokrajina Jehud pa je postala del Egiptovskega kraljestva, kjer je vladala dinastija Ptolemajcev. Ptolemajska vladavina je bila blaga: Aleksandrija je postala največje judovsko mesto na svetu, Ptolemaj II Filadelf (281-246 pr. n. št.) pa je spodbujal judovsko kulturo in sponzoriral prevod Tore v Septuaginto. V tem obdobju so se pojavili tudi farizeji in druge judovske stranke drugega templja, kot so saduceji in eseni. V začetku 2. stoletja pred našim štetjem pa je Jehud padel pod oblast selevkidskega sirskega vladarja Antiohusa IV Epifana (174-163 pred našim štetjem), ki je v nasprotju s strpnostjo Ptolemidov poskušal Jude popolnoma helenizirati. Njegovo oskrunjenje templja je sprožilo nacionalni upor, ki se je končal z izgonom Sircev in ponovno posvetitvijo templja pod Makabejci
Kraljestvo, ki so ga ustanovili Makabejci, je bil zavesten poskus oživitve Jude, opisane v Bibliji: judovske monarhije, ki je vladala iz Jeruzalema in se je raztezala nad vsemi ozemlji, ki sta jim nekoč vladala David in Salomon. Da bi uresničili ta projekt, so hasmonejski kralji osvojili (in nasilno spreobrnili v judovstvo) nekdanje Moabce, Edomce in Amonce ter izgubljeno Izraelsko kraljestvo.
Na splošno so Judje sprejeli tujo vladavino, če so morali plačevati le davek, sicer pa so lahko sami upravljali s seboj. Kljub temu so bili Judje razdeljeni na tiste, ki so bili naklonjeni helenizaciji, in tiste, ki so ji nasprotovali, ter so bili razdeljeni glede zvestobe Ptolemajcem ali Selevkidom. Ko je leta 175 pr. n. št. umrl veliki duhovnik Simon II., je izbruhnil spor med privrženci njegovega sina Oniasa III. (ki je nasprotoval helenizaciji in bil naklonjen Ptolemajcem) in njegovega sina Jazona (ki je bil naklonjen helenizaciji in bil naklonjen Selevkidom). Sledilo je obdobje političnih spletk, ko so duhovniki, kot je bil Menelaj, podkupovali kralja, da bi pridobili naziv visokega duhovnika, in obtožbe o umoru konkurenčnih pretendentov za ta naziv. Posledica je bila kratka državljanska vojna.
Ogromno Judov se je zateklo na Jazonovo stran, leta 167 pred našim štetjem pa je selevkidski kralj Antioh IV. vdrl v Judejo, vstopil v tempelj ter ga oropal denarja in obrednih predmetov. Jazon je pobegnil v Egipt, Antioh pa je uvedel program prisilne helenizacije, ki je od Judov pod grožnjo pokola zahteval, da opustijo svoje zakone in običaje. Tedaj so Matej in njegovih pet sinov, Janez, Eleazar, Simon, Jonatan in Juda Makabejski, duhovniki iz družine Hasmon, ki so živeli v podeželski vasi Modein (izgovori se "Mo-Ah-Dein"), prevzeli vodenje krvavega in na koncu uspešnega upora proti Selevkidom.
Juda je leta 165 pr. n. št. osvobodil Jeruzalem in obnovil tempelj. Boj se je nadaljeval, Juda in njegov brat Jonatan pa sta bila ubita. Leta 141 pr. n. št. je zbor duhovnikov in drugih potrdil Simona za velikega duhovnika in vodjo, s čimer je bila dejansko ustanovljena dinastija Hasmonejev. Ko je bil Simon leta 135 pr. n. št. ubit, je njegov sin (in Judov nečak) Janez Hirkan prevzel mesto velikega duhovnika in kralja.
Hasmonejsko kraljestvo
Po porazu selevkidskih sil je Janez Hirkan leta 152 pr. n. št. vzpostavil novo monarhijo v obliki duhovniške dinastije Hasmonejcev, s čimer so duhovniki postali tako politična kot verska oblast. Čeprav so Hasmonejci veljali za junake in voditelje, ki so se uprli Selevkidom, so nekateri menili, da njihova vladavina ni imela verske legitimnosti, ki jo je zagotavljal izvor iz Davidove dinastije iz obdobja prvega templja.
saduceji, eseni in farizeji
Razkorak med duhovniki in modreci se je povečal v helenističnem obdobju, ko so se Judje soočili z novimi političnimi in kulturnimi boji. V tem času se je pojavila stranka saducejev kot stranka duhovnikov in sorodnih elit (ime saduceji izhaja iz imena Sadoka, velikega duhovnika prvega templja).
Eseni so bili še eno zgodnje mistično-religiozno gibanje, ki naj bi kot napačne zavračali bodisi selevkidske, bodisi hasmonejske visoke duhovnike. Kmalu pa so zavrnili tudi drugi tempelj, saj so trdili, da je esenska skupnost sama po sebi nov tempelj in da je poslušnost zakonu predstavljala novo obliko žrtvovanja.
Čeprav so se eseni zaradi pomanjkanja skrbi za drugi tempelj odtujili veliki množici Judov, je njihovo prepričanje, da sveto lahko obstaja zunaj templja, delila druga skupina, farizeji ("separatisti"), ki je imela sedež v skupnosti pismoukov in modrecev. Pomen imena je nejasen.
V hasmonejskem obdobju so saduceji in farizeji delovali predvsem kot politične stranke (eseni niso bili tako politično usmerjeni). Politične razlike med saduceji in farizeji so postale očitne, ko so farizeji zahtevali, da hasmonejski kralj Aleksander Jannai izbere med kraljevanjem in funkcijo velikega duhovnika na tradicionalen način. Ta zahteva je povzročila kratko državljansko vojno, ki se je končala s krvavo represijo nad farizeji, čeprav je kralj na smrtni postelji pozval k spravi med obema stranema. Aleksandra je nasledila njegova vdova, katere brat je bil vodilni farizej. Po njeni smrti je njen starejši sin Hirkan II. iskal podporo farizejev, mlajši sin Aristobul pa saducejev.
Leta 64 pred našim štetjem je rimski general Pompej zavzel Jeruzalem in judovsko kraljestvo naredil za stranko Rima. V letih 57-55 pred našim štetjem je Aulus Gabinij, prokonzul Sirije, razdelil judovstvo na Galilejo, Samarijo in Judejo s petimi okrožnimi sanhedrini/sinedrioni (sodnimi sveti). Leta 40-39 pred našim štetjem je rimski senat za judovskega kralja imenoval Heroda Velikega, vendar je cesar Avgust leta 6 po Kristusu njegovega naslednika Heroda Arhelaja, etnarja Judeje, odstavil, njegova ozemlja pa priključil provinci Iudeji pod neposredno rimsko upravo: to je pomenilo konec Judeje kot celo teoretično neodvisnega kraljestva.