Lincolnovo predsedovanje je trajalo približno štiri leta. Trajalo je od 4. marca 1861 do 15. aprila 1865, ko ga je ustrelil simpatizer konfederacije in je umrl. Skoraj ves čas njegovega mandata je trajala državljanska vojna. Od izvolitve na volilnem kolegiju 15. februarja do inavguracije 4. marca Lincoln ni imel veliko časa za sestavo kabineta.
Lincolnov kabinet
Lincolnov kabinet je bil edinstven v ameriški zgodovini. V njem so bili vsi njegovi glavni tekmeci za republikansko nominacijo leta 1860. V okviru političnih pogajanj, ki so vodila do nominacije, je bilo nekaterim obljubljeno mesto v kabinetu. To ni bila harmonična skupina, saj se večina med njimi ni marala. Imeli so različne zamisli o upravljanju države, različno etiko in različne osebnosti. Zlasti Simon Cameron je bil Lincolnu vsiljen s sporazumom, sklenjenim z delegati iz Pensilvanije na republikanski konvenciji. Že prej je slovel kot nesposoben in skorumpiran. V skladu s sporazumom je bil Lincolnov vojni sekretar.
Člani so bili:
Notranje zadeve
Lincolnova administracija je bila zadolžena, da državo popelje skozi najtemnejše dni. Težave je podedoval od svojega predhodnika, predsednika Jamesa Buchanana. V svojem inavguracijskem govoru štiri leta prej je Buchan vprašanja suženjstva označil za "srečno zadevo majhnega praktičnega pomena". Buchanan je zavzel stališče, da nima pristojnosti, da bi kar koli storil v zvezi z bližajočo se državljansko vojno. Dejal je: "Noben predsednik, ne glede na to, kakšna so njegova politična nagnjenja, ne more vzpostaviti miru in harmonije med državami. Če je njegova pristojnost v skladu z našo ustavo in zakoni modro omejena in zadržana, lahko sam le malo stori v dobro ali zlo v tako pomembnem vprašanju." Ko se je bližala državljanska vojna, je država pod Buchananovim predsedovanjem zašla v recesijo.
Namesto da bi ignoriral ali se sprijaznil z razmerami, je moral Lincoln popraviti zlomljeno državo ali pa poskrbeti za njeno razdejanje. Med predsedniškimi volitvami in njegovo inavguracijo je sedem držav, ki so se odcepile, ustanovilo Konfederacijo držav Amerike. Njihova ustava je bila oblikovana po vzoru ustave Združenih držav s štirimi razlikami. Podpirala je suverenost držav. Zagotavljala je, da bo suženjstvo v konfederacijskih državah vedno obstajalo. Južnemu kongresu ni dovoljevala uvedbe zaščitnih tarif. Prav tako je omejila mandat predsednika konfederacijskih držav na šest let. Jefferson Davis je bil izvoljen za predsednika CSA. Bil je lastnik sužnjev iz Mississippija, senator ZDA in tudi vojni sekretar pod predsednikom Franklinom Pierceom. CSA je zavzela več filozofskih stališč, ki so se razlikovala od stališč Združenih držav Amerike. Predvidevala je, da so Združene države le združenje suverenih držav, kot so bile v skladu s členi konfederacije pred sprejetjem ameriške ustave. Trdili so, da lahko vsaka država svobodno izstopi iz združenja držav. Sever je videl Unijo kot trajno državo. Lincoln je poudaril, da se je vsaka država odpovedala svoji suverenosti, ko je ratificirala in sprejela ustavo. Trdil je tudi, da nobena država nima pravice do upora proti svoji državi, Združenim državam Amerike. Toda Lincoln je o CSA molčal od njene ustanovitve do svoje inavguracije. Ponovil je obljubo iz volilne kampanje, da kot predsednik ne bo sprejel nobenih ukrepov za ustavitev ali omejitev suženjstva v tistih državah, kjer je že obstajalo. Vendar pa ni sprejel predlogov mirovne komisije. S svojim inavguracijskim govorom je pokazal svoje miroljubne namene, saj je želel preprečiti, da bi se CSA pridružile druge južne države. Te države niso bile sovražnice. CSA ne bi napadel, temveč bi obdržal in ohranil vso lastnino vlade Združenih držav, ki je obstajala v južnih državah.
Dan po inavguraciji je Lincoln prejel depešo majorja Roberta Andersona. Bil je poveljnik utrdbe Fort Sumter v pristanišču Charleston. Lincolna je obvestil, da bo moral s svojimi možmi zapustiti trdnjavo, če ji ne bo kmalu zagotovljena oskrba. Lincoln se je domislil načina, kako oskrbeti trdnjavo, ne da bi se začeli spopadi. V trdnjavo Sumter bi poslal neoborožene oskrbovalne ladje. O svoji nameri je obvestil predsednika CSA Davisa. Na ta način ZDA ne bi začele spopadov, temveč bi trdnjavo obdržale, kot je obljubil Lincoln. Davis je takoj poslal generala P. G. T. Beauregarda, da bi prisilil trdnjavo k predaji, še preden bi prispele oskrbovalne ladje. 12. aprila 1861 ob 4.30 zjutraj so konfederacijski topovi začeli obstreljevati trdnjavo Sumter. Po 33 urah se je major Anderson predal. S tem se je začela državljanska vojna.
Vojna je trajala štiri leta. Sever ni pričakoval, da se bo jug skoraj do zadnjega boril za svojo "svobodo". Jug si ni predstavljal, da bo Sever pod Lincolnovim vodstvom pokazal železno voljo za ohranitev Unije za vsako ceno.
Zunanje zadeve
Ena od Lincolnovih vojaških strategij je bila blokada južnih pristanišč in približno 3 500 milj (5 600 km) obale. Na začetku vojne je bilo to z nekaj ladjami skoraj nemogoče. Do konca vojne je Unija zajela ali uničila 1500 blokadnih ladij. Ker pa se je skoraj 5 od 6 trgovin lahko izognilo blokadi, je Velika Britanija trdila, da je mednarodno pravo ne priznava, saj gre za "papirnato blokado". Konfederacija je lahko med vojno v Anglijo pošiljala le majhen del svojega glavnega denarnega pridelka, bombaža. Tri leta pred vojno je Jug pošiljal 10 milijonov bal bombaža na leto. Med vojno so poslali le 500 000 bal. Toda angleški proizvajalci so imeli na zalogi velike količine južnjaškega bombaža iz velikega izvoza pred vojno. To, kar so imeli na zalogi, jim je zadostovalo za večino vojne.
Leta 1861 sta tako Konfederacija kot Unija želeli pomoč Velike Britanije. Sever je računal nanjo zaradi njihove obsodbe suženjstva. Konfederacija pa je računala na njihovo pomoč zaradi velikega pomena, ki ga je imel njihov bombaž za britansko gospodarstvo. Zato sta obe strani imeli diplomatske odnose z Veliko Britanijo. Jug je potreboval pomoč Velike Britanije, da bi zmagal v vojni. Brez pomoči Velike Britanije se tudi Francija ne bi upala vmešavati, čeprav je bila z jugom že prijateljsko povezana. Kraljica Viktorija je 4. maja 1861 izdala razglas, s katerim je razglasila britansko nevtralnost v vojni in priznala Konfederacijo kot vojskujočo se stranko v konfliktu. To je razjezilo Lincolna. Njegov državni sekretar Seward je novemu ministru v Veliki Britaniji že izdal navodila, naj odide in se vrne domov, če bo kraljica priznala Konfederacijo. Francija je sledila s podobno izjavo, ki je prav tako priznala CSA kot državo. Seward je obe državi posvaril pred možnostjo vojne z Združenimi državami zaradi tega vprašanja.
Britanski ministrski predsednik lord Palmerston je v zahodni Atlantik poslal floto vojaških ladij, ki so se pripravljale na nenaden napad na New York. Največjo ladjo na svetu, SS Great Eastern, so nameravali uporabiti za prevoz vojakov. Menili so, da bi napad na New York pomenil napad na ameriško trgovsko središče. Toda spomladi leta 1862 so Britanci izvedeli za železno bojno ladjo Unije, USS Monitor. To je preklicalo vse načrte za invazijo. Britanska mornarica je sicer imela železne bojne ladje, vendar so za plovbo potrebovale globoke vode. Monitor in podobne severne ladje bi lahko uničile britanske ladje, če bi te poskušale blokirati severna pristanišča. Rusija se je tudi bala, da bi lahko Britanci in/ali Francozi posredovali. Poleti leta 1862 je koalicija držav razmišljala o posredovanju v vojni. Med njimi so bile Velika Britanija, Francija, Prusija, Avstrija in Rusija. Toda jeseni 1863 je ruski car Aleksander II. poslal svojo mornarico, da bi zaščitila Združene države pred morebitno invazijo Velike Britanije in Francije. Njihova baltska flota je 24. septembra 1863 začela prihajati v newyorško pristanišče. Ruska flota z Daljnega vzhoda je bila poslana v San Francisco.
Do konca vojne je večina evropskih držav s priznanjem Konfederacije kot suverene države le malo pridobila. Lincoln je diplomatsko ravnal z dvema konfederatoma, ki sta bila aretirana na britanski ladji Trent. Odredil je, da sta bila oba izpuščena. Zaradi neuspeha pridelka v Evropi so bili kmetijski proizvodi Unije priljubljeni. Egipt in Indija sta lahko dobavljala bombaž, ki so ga pred vojno kupovali na jugu. Unija je bila dober kupec tudi za orožje malega kalibra in drugo industrijsko blago iz Evrope. Angleški ladjedelci pa so med vojno za konfederacijsko mornarico izdelali na desetine blokadnih in bojnih ladij.